阿壩州13個縣的分別是：馬爾康市、九寨溝縣、小金縣、阿壩縣、若爾蓋縣、紅原縣、壤塘縣、汶川縣、理縣、茂縣、松潘縣、金川縣、黑水縣。
1、汶川縣
汶川縣隸屬於四川省阿壩藏族自治州，位於青藏高原東部邊緣、四川省西北部，居川西北高原和阿壩藏族羌族自治州東南部，東西寬84公里，南北長105公里，總面積4084平方公里，縣城海拔1236米。
南距省會成都146公里，北離州府馬爾康202公里，區位優勢明顯，交通便利。轄威州、綿虒、映秀、漩口、水磨、臥龍、三江、耿達8鎮，龍溪、克枯、雁門、銀杏4鄉。
2、理縣
理縣位於青藏高原東緣，阿壩藏族羌族自治州東南部，地處北緯30°54′-31°12′，東經102°32′-103°30′。東北與茂縣、黑水接壤，西南與小金相連，東南與汶川相通，西北與馬爾康、紅原毗鄰，距省會成都202公里，距州府馬爾康193公里，縣城海拔1888米。
3、茂縣
茂縣是四川省阿壩藏族羌族自治州下轄縣，位於四川省西北部、阿壩藏族羌族自治州東南部的青藏高原東南邊緣，地理座標爲東經102°56′～104°10′，北緯31°25′～32°16′，地跨岷江和涪江上游高山河谷地帶，東西長116.62千米，南北寬93.73千米，幅員面積3903.28平方公里。
4、松潘縣
松潘縣，四川省阿壩藏族羌族自治州轄縣。位於青藏高原東緣，阿壩藏族羌族自治州東北部，行政區域面積8486平方公里，人口74945人(2015年)，轄2個鎮、23個鄉，縣人民政府駐進安鎮。
5、九寨溝縣
九寨溝縣，隸屬於四川省阿壩藏族羌族自治州，位於青藏高原東部邊緣，阿壩州東北部。東、北與甘肅省文縣、舟曲縣、迭部縣交界，西、南與四川省若爾蓋縣、平武縣、松潘縣接壤。
6、金川縣
金川縣原名靖化縣，位於川西北高原，阿壩藏族羌族自治州西南部，地處青藏高原東部邊緣，大渡河上游，隸屬四川省阿壩州。金川縣因境內河流大金川(大渡河上游)得名，而大金川因沿河諸山有金礦得名。
7、小金縣
小金縣爲四川省阿壩藏族羌族自治州下轄縣。藏名贊拉，凶神之意。因境內小金川得名。小金縣地處青藏高原東部邊緣，位於四川省西北部，在阿壩藏族羌族自治州南部。東鄰汶川縣，西毗甘孜州丹巴縣，南連雅安市寶興縣，北接馬爾康縣。
8、黑水縣
黑水，地處青藏高原東部，阿壩藏族羌族自治州中部，北與松潘相接，東西與紅原、茂縣相鄰，南和西南與理縣、馬爾康相連，距離省會成都284公里，縣城海拔2350米。黑水藏名爲“措曲”，是“生鐵之水”之意。黑水河屬岷江上游支流。有小黑水河、毛爾蓋河及溪溝99條。
9、馬爾康市(原馬爾康縣)
馬爾康市(原馬爾康縣)，是四川省阿壩藏族羌族自治州管轄的縣級市，亦是該州首府，藏語意爲“火苗旺盛的地方”，引申爲“興旺發達之地”。馬爾康是以原嘉絨18土司中卓克基、鬆崗、黨壩、梭磨四個土司屬地爲雛形建立起來的，亦稱“四土地區”。
10、壤塘
壤塘地處東經100°31′～101°29′、北緯31°29′～32°41′，位於青藏高原東部，大渡河上游，四川省阿壩藏族羌族自治州西部，縣境東及東北與馬爾康市、阿壩縣接壤，南與金川縣毗連，西部和南部與甘孜州色達縣、爐霍縣、道孚縣相望，北鄰青海省班瑪縣。縣城海拔3285米。
11、阿壩縣
阿壩縣地處青藏高原東南緣，位於川甘青三省交匯處，與州內的若爾蓋縣、紅原縣、馬爾康縣、壤塘縣和甘肅省瑪曲縣、青海省久治縣、班瑪縣等7縣接壤，是內地通往西北的重要交通樞紐，是重要的商貿中心和物資集散地，是以牧爲主、農牧林兼營的縣，屬典型的老、少、邊、窮、病地區。
縣境內地形複雜，地勢由西北向東南逐漸傾斜，縣城海拔3290米，境內最高海拔5154米，最低海拔2936米，徑流分屬長江、黃河兩大水系，屬高原寒溫帶半溼潤季風氣候，無明顯四季之分，晝夜溫差大，無霜期短，太陽幅射強，年均氣溫4℃。
12、若爾蓋縣
若爾蓋縣隸屬阿壩藏族羌族自治州，地處青藏高原東北邊緣，位於四川省北部，系四川通往西北省區的北大門，地理座標東經102°08′至103°39′、北緯32°56′至34°19′之間。
四鄰分別與甘肅省瑪曲縣、碌曲縣、卓尼縣、迭部縣和阿壩州內阿壩縣、紅原縣、松潘縣、九寨溝縣接壤，黃河與長江分水嶺將其劃爲東西兩部。東西與南北最大距離約150公里。距蘭州475.3公里，離州府駐地馬爾康322.4公里，南距成都469.2公里，縣城海拔3406米。
13、紅原，地處青藏高原東部，阿壩藏族羌族自治州中部，北與若爾蓋縣相接，東西與松潘、阿壩、黑水縣相鄰，南與馬爾康市、理縣相連，地理座標北緯31°50'～33°22'，東經101°51 '～103°23'，南距成都450公里，北距蘭州640公里，縣城海拔3504米。
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