能儲存爲木化石的植物往往都非常粗壯，並且具有大量的木質部。這是因爲木質部這種組織是由厚壁細胞構成的，較容易發生礦化作用。具有大量木質部組織的粗壯植物體被泥土、沙石等掩埋之後，在被壓實的環境中可能有大量的地下水活動，這些水中又溶解有大量的、供應充足的無機鹽（如硅、鈣等）。由於木質部細胞具有大量可填充的空間，在植物細胞還未完全降解時，含無機鹽的水會逐漸滲入植物體的細胞空腔中，並固定沉澱，隨後經過成岩作用，植物體就能在漫長的地質歷史中儲存爲木化石。
化石的形成條件
（1）有機物必須擁有堅硬部分，如殼、骨、牙或木質組織。然而，在非常有利的條件下，即使是非常脆弱的生物，如昆蟲或水母也能夠變成化石。
（2）生物在死後必須立即避免被毀滅。如果一個生物的身體部分被壓碎、腐爛或嚴重風化，這就可能改變或取消該種生物變成化石的可能性。
（3）生物必須被某種能阻礙分解的物質迅速地埋藏起來。而這種掩埋物質的類型通常取決於生物生存的環境。海生動物的遺體通常都能變成化石，這是因爲海生動物死亡後沉在海底，被軟泥覆蓋。軟泥在後來的地質時代中則變成頁岩或石灰岩。較細粒的沉積物不易損壞生物的遺體。在德國的侏羅紀的某些細粒沉積岩中，很好地儲存了諸如鳥、昆蟲、水母這樣一些脆弱的生物的化石。
（4）被埋藏的生物屍體還必須經歷長時間的石化作用後才能形成化石。有時生物死後雖然被迅速埋藏，但不久因沖刷等各種因素暴露出來而遭到破壞，也不能形成化石。有一些儲存在較古老岩層中的化石，因岩層的變形和變質作用，使化石遭到破壞。
（5）沉積物在固結成巖的過程中，壓實作用和結晶作用都會影響化石的石化作用和儲存。
化石的作用
化石化作用有三種方式：礦物質填充作用、交替作用和升餾作用。
礦物質填充作用
礦物質填充作用是指，某些無脊椎動物貝殼或脊椎動物骸骨中的有機物分解消失以後留下了中空的部分，在地層下被埋藏日久以後，溶解在地下水中的礦物質（主要是碳酸鈣）往往在其孔隙中經重結晶作用變成了較爲緻密、堅實、並且增加了重量的實體化石。
交替作用
交替作用是指，生物硬體的組成物質在埋藏情況下被逐漸溶解，再由外來礦物質逐漸補充替代的過程。在這個過程中，如果溶解和交替速度相等，而且以分子相交換，就可以儲存原來的細徵結構。如硅化木。常見的交替物質有二氧化硅、方解石、白雲石、黃鐵礦等，相應的過程就可以叫做硅化、方解石化、白雲石化和黃鐵礦化。
升餾作用
升餾作用是指古生物遺體在被埋藏之後，不穩定成分分解、可揮發物質往往首先揮發消失，最後只留下碳質薄膜而儲存下來的過程。這個過程也稱爲“炭化”。
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